Caso você tenha criado um processo com numeração automática, mas na verdade, você desejava criar um processo com número informado a partir do processo físico, não será possível reverter esta ação. Nesse caso, você pode excluir o processo criado com o número de protocolo incorreto ou pode utilizá-lo para outro assunto. E então você precisará criar um novo processo com protocolo informado. 

Caso você já tenha incluído as pastas digitalizadas no processo, você precisará excluir os documentos relativos a cada pasta digitalizada. Mas se não for possível excluir, você terá que cancelar cada um dos documentos com uma justificativa tal como "O documento foi incluído em NUP incorreto, por isso foi criado novo processo com NUP correto para inclusão deste arquivo".