O uso da assinatura pode ser feito por qualquer membro de uma unidade com perfil básico no SEI. Somente os membros com perfil colaborador é que não podem assinar documentos no SEI, pois não têm permissão para tal. 

No entanto, da mesma forma que os membros de uma unidade não assinavam quaisquer documentos que estavam dentro de um processo em papel sobre a mesa da Secretaria de uma Unidade, também os documentos no SEI, mesmo que seja possível, não devem ser assinados por qualquer membro da unidade, exceto por aqueles a quem são atribuídos e que tenham a competência legal para assiná-los.

Cada documento de um processo é elaborado e assinado por membros específicos, de acordo com suas funções e atribuições, normalmente definidas por legislação vigente, por exemplo, a Lei 8.112/1990) ou por regulamentações específicas "ad hoc", materializadas por meio de atos administrativos emitidos por entidades com delegação própria para tal, por exemplo, os Ministros, Reitores(as), Pró-Reitores(as), Diretores(as), Chefias, que emitem portarias de delegação de responsabilidades, de designação de cargos etc., resoluções, entre outros documentos legais que admitem a assinatura de documentos por outros delegados.

A assinatura irregular de documentos por um membro de uma Unidade não terá efeito quanto ao cumprimento do que está dito no documento e ainda poderá ter efeito negativo para aquele membro, no sentido de exercer atividade imprópria à sua função ou cargo.

Dado que o SEI apresenta um histórico detalhado das ações realizadas em processos e documentos, com identificação do membro que a relizou, com data e horário da ação realizada, é possível identificar facilmente uma ação indevida de assinatura de documento feita por um membro.

Assim, não é recomendado que os usuários do SEI se utilizem do recurso da assinatura, exceto quando tenham efetivamente a competência para tal nos documentos que lhes sejam atribuídos.