O SEI segue os princípios do processo administrativo, que preconiza que os documentos de um processo devem se situar em torno de um assunto específico em ordem cronológica, mostrando a evolução das ações efetuadas pelos diversos agentes envolvidos no processo ao longo do tempo.

A organização de um processo é, portanto, realizada por ordem sequencial de inserção de documentos no processo, que em geral coincide com a cronologia. Esta ordenação do processo é feita de forma automática, não sendo possível, ao usuário de perfil básico, modificar a ordem dos documentos.

A formação de pastas dentro de um processo no SEI é feita também automaticamente a cada 20 documentos inseridos no processo, recebendo uma numeração sequencial de pasta, apenas para efeito de melhor organização e visualização na árvore de documentos.

Não é possível criar pastas específicas, com nomes determinados para inserir documentos na ordem que se deseja, como se faz no Explorador de Arquivos de um computador ou na nuvem, justamente pela necessidade de que o processo siga a ordem cronológica dos seus atos processuais, que são representados pelos documentos ali inseridos.

Para ajudar na organização de processos, é possível utilizar os blocos internos, que são como arquivos definitivos categorizados pela unidade, e os marcadores, que são categorias temporárias para os processos da caixa de entrada ou Controle de Processos.